Η εσωτερική αναδιοργάνωση και αναβάθμιση αποτελεί τον πρώτο στόχο για το Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων μετά την εφαρμογή του σχεδίου Αθηνά. Το Πανεπιστήμιο βγαίνει ελαφρώς κερδισμένο και με τους σωστούς χειρισμούς μπορεί τα επόμενα χρόνια να μην υστερεί σε τίποτα από τα μεγαλύτερα της χώρας.

Ο στόχος που είχε τεθεί για κοινοπραξία του με τα Πανεπιστήμια Δυτικής Μακεδονίας και Δυτικής Ελλάδας, Πανεπιστήμια που από την ίδρυσή τους στηρίχθηκαν από το ΑΕΙ των Ιωαννίνων δεν ευοδώθηκε. Κι αυτό επειδή οι τοπικοί παράγοντες ειδικά της Κοζάνης και του Αγρινίου αντέδρασαν έντονα ενώ ανάλογες ήταν οι πιέσεις που ασκήθηκαν κι από τους τοπικούς βουλευτές.

Οι τοπικές κοινωνίες λοιπόν έκαναν τις επιλογές τους αντιδρώντας σε κάποιες περιπτώσεις ακόμη και με ακραίους τρόπους. Μπροστά σε αυτή την πραγματικότητα το Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων αναθεώρησε τις προτεραιότητές του θέτοντας ως κυρίαρχο πλέον την εσωτερική αναδιοργάνωση και αναβάθμιση.

Έτσι το σχέδιο Αθηνά φέρνει στα Γιάννινα τη Σχολή Καλών Τεχνών. Πρόκειται για την τρίτη στη χώρα, μετά από αυτές που λειτουργούν σε Αθήνα και Θεσσαλονίκη που έρχεται να αντικαταστήσει ένα και μοναδικό τμήμα που λειτουργούσε μέχρι σήμερα.

Παράλληλα μπαίνουν οι βάσεις για τη λειτουργία Σχολής Οικονομικών και Κοινωνικών Επιστημών, ενώ διατηρείται η Αρχιτεκτονική η οποία αναμένεται να λειτουργήσει από το 2015. Με την Αρχιτεκτονική και το Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής μπορεί να ενεργοποιηθεί άμεσα η Πολυτεχνική Σχολή που αποτελεί πάγιο αίτημα της Ηπειρωτικής κοινωνίας.

Με την εφαρμογή του Σχεδίου Αθηνά λοιπόν, το Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων δεν χάνει τίποτα από τα κεκτημένα και έχει τις δυνατότητες περαιτέρω ανάπτυξης.