Σε εξέλιξη βρίσκεται το πρόγραμμα του ΟΦΥΠΕΚΑ και του Υπουργείου Πολιτισμού για την καταγραφή της βιοποικιλότητας στους αρχαιολογικούς χώρους.

Η καταγραφή αφορά σε είκοσι αρχαιολογικούς χώρους σε όλη την Ελλάδα. Στην Ήπειρο το πρόγραμμα εκτυλίσσεται στη Δωδώνη, την Δωδώνη, την παλιά πόλη των Ιωαννίνων και το Νησί.

Οι αρχαιολογικοί χώροι έχουν λειτουργήσει ως θύλακες  προστασίας και καταφύγια για την τοπική χλωρίδα και πανίδα, διότι χάρη στη θεσμική θωράκισή τους, έχουν τεθεί περιορισμοί σε μια πληθώρα δραστηριοτήτων που ασκεί πιέσεις στη βιοποικιλότητα, όπως η εκτός σχεδίου δόμηση, το κυνήγι, η υπεράντληση υδάτων ή η ρύπανση του εδάφους από την γεωργία. 

Μετά την ολοκλήρωση του έργου, ο ΟΦΥΠΕΚΑ θα αξιοποιήσει τα δεδομένα που θα προκύψουν στην επιχειρησιακή του λειτουργία και στο σχεδιασμό των διαχειριστικών του δράσεων.